Creo comprender que la consulta la realizas mediante PHP, pero decir 'no me ocurre nada', dificulta extremadamente el poder darte una respuesta, pues no podemos conocer el origen del problema.
Yo en tu caso, tratarís de acotar el problema haciendo consultas más pequeñas y sencillas, y cuando 'no te ocurra nada', tendrás detectada la zona del comando SQL que provoca el fallo.
Desconozco si phpmyqdmin publica y permite utilizar sus clases y procedimientos desde aplicaciones externas, pero si buscas en la página oficial de PHP seguramente encontrarás código PHP y utilidades para realizar la exportación a WORD, PDF, EXCEL...etcétera.
Aunque el post lo insertas en el foro de MySql, repito, creo entender que lo estás gestionando con PHP | 
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