Puedes probar a utilizar SSH Telnet si el servidor te permite el acceso con este método, manipulando directamente la base de datos.
para conectarte:
mysql -u <usuario> -p <password> [Nombre_Base_de_Datos]
para incorporar un fichero .SQL súbelo primero con FTP y después.
mysql -u <usuario> -p <password> [Nombre_Base_de_Datos] < [archivo.sql]
Si esto no funciona correctamente, puedes probar a solicitar que el administrador del dominio te lo importe con las herramientas de administración de MySql.
No es un problema de MySql sino de PHPMySqlAdmin que noo permite la restauración de ficheros superiores a 2 MB.
Espero que te resulte útil.
PD: Si necesitas un Telnet SSHL te puedes bajar uno desde la siguiente dirección:
http://www.celestialsoftware.net/telnet/telnetform.html