No, .NET necesita Xp, 2000 o 2003. Debes actualizar el sistema a uno de esos tres, pero si vas a instalar 2003 te recomiendo que instales directamente .NET 2003.
Eso es cierto, las aplicaciones generadas con .NET pueden correr en w98, yo he probado con algunas y funcionaba, pero eran muy sencillas. Lo que ocurre es que tal y como entedí el post creí que se refería al entorno de desarrollo, y para eso w98 no sirve.