Yo estoy estos días probando la compatibilidad de VS 6.0 y Windows Vista.
La primera aplicación que he instalado no me ha dado ningún problema de instalación, pero he de tener en cuenta que no tiene dll externas salvo las llamadas que realizo a la API de Windows, y éstas sin problema.
Después de Agosto quiero instalar una nueva versión de otras aplicaciones que si instalan librerías dinámicas y componentes, pero de momento no puedo asegurarte su correcto funcionamiento.