Creo que los dos están hablando de metodos diferentes:

Una cosa es crear un proyecto de instalación, y otra es usar clickonce para publicar tus aplicaciones.

En un proyecto de instalación si das click derecho sobre el proyecto ahí ver/sistema de archivos puedes especificar que accesos directos pondrás en el menú de programas, escritorio, menú inicio, menú enviar a entre otras opciones.

Con Click derecho/ver/registro del sistema puedes configurar tu instalador para que agregue claves en el registro.

Si le das click derecho propiedades al proyecto de instalación, pincha el botón requisitos previos y ahí puedes escoger los requisitos previos que vas a instalar y la forma de hacerlo de entre 3 opciones:

- Descargarlo desde el sitio del fabricante.
- Descargarlo desde la misma ubicación de tu aplicación.
- O descargarlo desde una URL especifica.

En cuanto a lo del desinstalador, no sé como ponerlo en el menú de programas.

Echa una ojeada también al uso de clickonce.

__________________
Saludos,

Juan Carlos Carballo Quevedo